W wyniku I (1772 r.) i II (1793 r.) rozbiorów Polski tereny obecnego Nadleśnictwa Gniewkowo znalazły się w granicach państwa pruskiego. Krótko po tych wydarzeniach, na przełomie wieków XVIII i XiX, Prusacy zrabowane lasy królewskie uporządkowali na nowo, własnym systemem administracji leśnej, który opierał się na pruskim państwowym urzędzie leśnym (odpowiednik nadleśnictwa).
25 sierpnia 1807 r. na mocy ustawy Komisji Rządzącej Księstwa Warszawskiego, powołano m.in. urząd leśny Gniewkowo Nowe w departamencie bydgoskim (odpowiednik województwa).  

                 
Kilka lat później (1815 r.), już po Kongresie Wiedeńskim, utworzono Nadleśnictwo Cierpiszewo (Schirpitz) i Nadleśnictwo Wodek. Z ich części powstało 1 lipca 1887 r. Nadleśnictwo Gniewkowo (Argenau).   Proces tworzenia nadleśnictw trwał nadal; w jego wyniku w 1909 r. powstało Nadleśnictwo Toruń (Thorn), późniejsze Popioły. W latch 1909 i 1910 r. powołano też nadleśnictwa Gniewkowo i Otłoczyn. Tworzenie nowych nadleśnictw było wynikiem wykupu lasów z rak polskich, bądź ich przejęcia za długi od prywatnych właścicieli, co skutkowało wzrostem powierzchni lasów państwowych w zaborze pruskim.

Po odzyskaniu niepodległości (1918 r.) lasy obecnego Nadleśnictwa Gniewkowo przeszły na własność Skarbu Państwa Polskiego. Na początku w odrodzonym Państwie Polskim brakowało kadr i środków technicznych, stąd też korzystano w pierwszych latach z wzorców niemieckich. Na podstawie Rozporządzenia Prezydenta Rzeczypospolitej z dnia 30 grudnia 1924 r. organizacji administracji lasów państwowych powstały jednolite w całym kraju jednostki organizacyjne Lasów Państwowych. Natomiast Rozporządzenie Rady Ministrów z dnia 16 stycznia 1925 r. o utworzeniu dyrekcji lasów państwowych scaliły lasy pomorskie .Nadleśnictwo Gniewkowo weszło w skład Bydgoskiej Dyrekcji Lasów Państwowych Całkowita powierzchnia nadleśnictwa w roku 1927 wynosiła 5363,24 ha.
W 1927 r. Nadleśnictwo Toruń zmieniło nazwę na Nadleśnictwo Popioły. Tego typu zmiana nastapiła po raz kolejny w 1959 r., kiedy to zastąpiono ówczesna nazwę i wprowadzono do porządku administracyjnego nazwę Nadleśnictwo Otłoczyn.
1 stycznia 1973 r. zreorganizowano Nadleśnictwo Gniewkowo - dotychczasowe nadleśnictwo Gniewkowo i Otłoczyn weszły jako obręby leśne w skład nowo powstałego Nadleśnictwa Gniewkowo.

Przybliżając historie Nadleśnictwa Gniewkowo należy nadmienić o poligonie artyleryjskim, którego tereny wchodzą obecnie w jego skład i leżą w obrębie Otłoczyn. Początki toruńskiego poligonu sięgają czasów pierwszych szkolnych strzelań artyleryjskich tj. roku 1607. W roku 1657 szwedzka załoga twierdzy przeprowadziła strzelania artyleryjskie w rejonie zamku dybowskiego, najprawdopodobniej w miejscu obecnie istniejącej stacji kolejowej Toruń Kluczyki. Hetman wielki koronny Jerzy Lubomirski latem 1659 roku zorganizował ćwiczenia wojsk polskich, w celu zdobycia Gdańska. W drugiej połowie XIX wieku zorganizowano na poligonie ośrodek szkolenia i koncentracji wojsk dla przyszłych działań wojennych. Ciekawostką architektoniczną, o którym warto napisać jest zabytkowa kapliczka znajdująca się na Toruńskim Poligonie Artyleryjskim. Obecnie istniejąca kaplica pochodzi z XVIII wieku, świadczy o tym wycięta na podprożu data 1765. Fundatorem tej świątyni był hrabia Dąbski, ówczesny właściciel posiadłości ziemskiej z Grabia.

Lasy Nadleśnictwa Gniewkowo nie były - niestety, wolne od zjawisk klęskowych, w szczególności masowych gradacji owadów liściożernych oraz szkód ze strony czynników przyrody nieożywionej: pożarów, powodzi i wiatrów. W pamięci pozostaje niezwykle groźny, o katastrofalnych rozmiarach pożar lasu, który wybuchł w dniu 10 sierpnia 1992 r. w leśnictwie Zajezierze i w błyskawicznym tempie objął powierzchnię 2938 ha gruntów leśnych, z tego 575 ha w Nadleśnictwie Gniewkowo.