Lasy Państwowe podejmują również własne inicjatywy ochronne. Pomagają wybranym gatunkom zwierząt i roślin zasiedlić miejsca, gdzie gatunki te wyginęły (tzw. reintrodukcje) lub gdzie są zagrożone wyginięciem (restytucje). Dotyczy to np. cisa, sudeckich jodeł, cietrzewia czy głuszca.

 Gatunki i ich stanowiska podlegają ochronie podczas prac gospodarczych. Służą temu specjalnie opracowane  procedury.

Szanse na przetrwanie ginącym gatunkom mają dać strefy ochronne dla wybranych gatunków zwierząt (m.in. wokół gniazd ptaków). Leśnicy są za nie szczególnie odpowiedzialni, ponieważ większość z nich znajduje się na gruntach zarządzanych przez LP.

Spośród występujących gatunków roślin, grzybów i wątrobowców objętych ochroną oraz rzadkich w zasięgu terytorialnym Nadleśnictwa Gniewkowo występuje około
20 gatunków objętych ochroną ścisłą, 46 objętych ochroną częściową oraz około 129 gatunków rzadkich.

Na liście gatunków wpisanych do Czerwonej listy roślin i grzybów z 2006 r. znajdują się 6 gatunków roślin naczyniowych oraz 18 gatunków porostów.
Na liście gatunków wpisanych na Czerwoną listę roślin ginących i zagrożonych
w regionie kujawsko-pomorskim wpisano 41 gatunków roślin naczyniowych.Oto niektóre z nich:

• Cis pospolity (Taxus baccata)
• Wiśnia karłowata (Prunus fruticosa)
• Dziewięćsił bezłodygowy (Carlina acaulis)
• Ostnica Jana (Stipa joannis)
• Sasanka otwarta (Pulsatilla patens)
• Chrobotki (Cladina spp.)

Spośród gatunków zwierząt objętych ochroną oraz rzadkich występujących w zasięgu działania Nadleśnictwa Gniewkowo 190 gatunków objętych jest ochroną ścisłą, 62 ochroną częściową oraz 57 gatunków to gatunki rzadkie.

Na liście gatunków wpisanych do Polskiej czerwonej księgi zwierząt Kręgowce i Bezkręgowce z 2001 i 2005 r. znajdują się 33 gatunki.
Na liście gatunków wpisanych na Czerwoną listę zwierząt ginących i zagrożonych
w województwie kujawsko-pomorskim znajduje się 69 gatunków.
59 gatunków motyli dziennych obserwowanych na obszarze Nadleśnictwa
Gniewkowo jest świadectwem bardzo dużego bogactwa w odniesieniu do tej grupy
owadów (stanowi to około 35 % gatunków występujących na terenie Polski).

Najciekawszymi gatunkami podlegającymi ochronie są:

• Czerwończyk nieparek (Lycaena dispar)
• Traszka grzebieniasta (Triturus cristatus)
• Żmija zygzakowata (Vipera berus )
• Dzięcioł czarny (Dryocopus martius)
• Czapla biała (Egretta alba)
• Żuraw (Grus grus)
• Bóbr europejski (Castor fiber)
• Wilk (Canis lupus)

W nadleśnictwie wyznaczono także strefy ochronne ostoi, miejsc rozrodu i przebywania rzadkich gatunków ptaków objętych ochroną gatunkową:

Wśród nietoperzy spotkać można karlika większego bytującego głównie
w skrzynkach lęgowych rozwieszonych w ramach ochrony lasu.

• Bielika (Haliaeetus albicilia)
• Bociana czarnego (Ciconia nigra)
• Sowy Włochatki (Aegolius funereus)
• Kani rudej (Milvus milvus)

Nadleśnictwo zarządzające mieniem Skarbu Państwa stosuje wymagania dobrej praktyki w zakresie gospodarki leśnej, które uwzględniają potrzebę zapobiegania:

1) w odniesieniu do gatunków wymienionych w załączniku IV dyrektywy Rady 92/43/EWG z dnia 21 maja 1992 r. w sprawie ochrony siedlisk przyrodniczych oraz dzikiej fauny i flory w ich naturalnym zasięgu:

a) celowemu chwytaniu lub zabijaniu dziko występujących okazów tych gatunków,
b) celowemu niepokojeniu okazów tych gatunków, w szczególności w okresie rozrodu, wychowu młodych, snu zimowego i migracji,
c) celowemu niszczeniu lub wybieraniu jaj okazów tych gatunków,
d) pogarszaniu stanu lub niszczeniu terenów rozrodu lub odpoczynku okazów tych gatunków,
e) celowemu zrywaniu, zbieraniu, ścinaniu, wyrywaniu lub niszczeniu dziko występujących roślin w naturalnym zasięgu okazów tych gatunków;

2) w odniesieniu do chronionych gatunków ptaków:

a) umyślnemu zabijaniu okazów tych gatunków,
b) umyślnemu niszczeniu lub uszkadzaniu gniazd i jaj okazów tych gatunków lub usuwaniu ich gniazd,
c) umyślnemu płoszeniu tych ptaków, w szczególności w okresie lęgowym i wychowu młodych, jeżeli mogłoby to wpłynąć na zachowanie właściwego stanu ochrony gatunku
tych ptaków.

Rozporządzenie Ministra Klimatu i Środowiska z dnia 27 marca 2023 r. w sprawie wymagań dobrej praktyki w zakresie gospodarki leśnej określa zasady prowadzenia gospodarki leśnej w sposób zapewniający ochronę przyrody, zachowanie różnorodności biologicznej oraz trwałość lasów.